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本页对应的源文档快照。

输入参数参考

SPONGE 会自动读取工作目录中的 mdin.spg.toml；若不存在，也会识别旧版 mdin.txt。可通过 -mdin 显式指定其他输入文件：

SPONGE -mdin mdin.spg.toml

参数分类

• 核心模拟参数：模拟模式、步数、时间步长和截断距离。
• 输入、输出与重启：输入文件、HDF5 数据、重启与输出控制。
• 恒温器：恒温算法及参数。
• 恒压器：恒压算法及参数。
• 原子坐标限制：将原子限制在参考坐标附近。
• 约束算法：SETTLE / SHAKE。
• 邻居表：邻居表配置。
• PME 静电：粒子网格 Ewald 方法。
• 集体变量（CV）：CV 定义与示例。
• 增强采样：CV、MetaD、SITS。
• SinkMeta：meta / SinkMeta 详细参数。
• 高级参数：设备、墙限制、ReaxFF、插件等。

快速示例

NVT

md_name = "NVT water"
mode = "nvt"
step_limit = 50000
dt = 0.002
cutoff = 8.0
default_in_file_prefix = "WAT"
constrain_mode = "SHAKE"
target_temperature = 300.0
write_information_interval = 1000

[thermostat]
mode = "middle_langevin"
tau = 0.1
seed = 2026

NPT

md_name = "NPT water"
mode = "npt"
step_limit = 100000
dt = 0.002
cutoff = 8.0
default_in_file_prefix = "WAT"
constrain_mode = "SHAKE"
target_temperature = 300.0
target_pressure = 1.0
write_information_interval = 1000

[thermostat]
mode = "middle_langevin"
tau = 0.1
seed = 2026

[barostat]
mode = "andersen_barostat"
tau = 0.1
update_interval = 10

能量最小化

md_name = "minimization"
mode = "minimization"
step_limit = 1000
default_in_file_prefix = "system"
cutoff = 8.0
write_information_interval = 100