本页由 GPT-6-Astra 整理并翻译。SPONGE 2.0 正处于敏捷开发中，功能、参数和文档可能随版本变动；最新版本信息请参照 GitHub 仓库中的 docs 和 skills 文档。

本页对应的源文档快照。

高级参数

设备与并行

参数	类型	默认值	说明
device	string	自动检测	GPU 设备编号
device_optimized_block	int	-	GPU 线程块大小优化

区域分解

MPI 区域分解参数从 [DOM_DEC] 分组读取：

[DOM_DEC]
update_interval = 100
split_nx = 2
split_ny = 2
split_nz = 1

参数	所属分组	类型	默认值	说明
update_interval	DOM_DEC	int	100	区域分解刷新间隔
split_nx	DOM_DEC	int	自动	X 方向划分数
split_ny	DOM_DEC	int	自动	Y 方向划分数
split_nz	DOM_DEC	int	自动	Z 方向划分数

省略划分数时，SPONGE 根据 PP MPI 进程数和盒子几何自动选择。当前 MPI 区域分解只支持正交盒子。

能量最小化

最小化专用参数位于 [minimization] 分组：

mode = "minimization"

[minimization]
dynamic_dt = 1
max_move = 0.1
beta1 = 0.9
epsilon = 1e-4

参数	所属分组	类型	默认值	说明
dynamic_dt	minimization	int	1	使用类似 ADAM 的动态步长最小化器
max_move	minimization	float	0.1	每步最大坐标位移，单位 Å
momentum_keep	minimization	float	dynamic_dt = 0 时为 0.0	梯度下降模式中的动量保留系数
beta1	minimization	float	0.9	dynamic_dt != 0 时使用的第一个 ADAM 参数
beta2	minimization	float	当前源码为 0.9	dynamic_dt != 0 时使用的第二个 ADAM 参数
epsilon	minimization	float	1e-4	dynamic_dt != 0 时使用的数值稳定项

dynamic_dt != 0 时，SPONGE 在内部将 dt 重设为 3e-4 ps。dynamic_dt = 0 时使用极小的固定 dt，走梯度下降路径。

Rerun 模式

rerun 使用常规顶层轨迹文件参数，以及若干专用扁平参数：

mode = "rerun"
crd = "traj.dat"
box = "traj.box"
vel = "traj.vel"
frame_limit = 1000
rerun_start = 0
rerun_strip = 0
rerun_need_box_update = 0

参数	所属位置	类型	默认值	说明
crd	顶层	string	必填	rerun 坐标轨迹输入
box	顶层	string	必填	rerun 盒子轨迹输入
vel	顶层	string	可选	rerun 速度轨迹输入
frame_limit	顶层	int	-	最大处理帧数
rerun_frame_limit	顶层	int	frame_limit 的别名	兼容别名
rerun_start	顶层	int	0	起始帧偏移
rerun_strip	顶层	int	0	两个处理帧之间跳过的帧数
rerun_need_box_update	顶层	int	0	rerun 时是否更新盒子形变张量

当前源码使用扁平的 rerun_* 参数，而不是 [rerun] TOML 分组。

墙限制

硬墙

硬墙范围通过 [hard_wall] 前缀配置：

[hard_wall]
x_low = 0.0
x_high = 40.0

参数	所属分组	类型	说明
x_low、x_high	hard_wall	float	X 方向硬墙位置
y_low、y_high	hard_wall	float	Y 方向硬墙位置
z_low、z_high	hard_wall	float	Z 方向硬墙位置

硬墙不能用于 npt 模式。

软墙

提供配置文件以启用软墙：

[soft_walls]
in_file = "soft_walls.txt"

参数	所属分组	类型	说明
in_file	soft_walls	string	软墙配置文件路径

ReaxFF 反应力场

通过 [REAXFF] 分组配置：

[REAXFF]
in_file = "ffield.reax.cho"
type_in_file = "atom_types.txt"

参数	类型	说明
in_file	string	ReaxFF 参数文件
type_in_file	string	原子类型映射文件

广义 Born 模型

广义 Born 模型参数通过 [gb] 分组配置：

[gb]
in_file = "gb.txt"
epsilon = 78.5
radii_offset = 0.09
radii_cutoff = 25.0

参数	所属分组	类型	默认值	说明
in_file	gb	string	-	原生 GB 参数文件
epsilon	gb	float	78.5	相对介电常数
radii_offset	gb	float	0.09	从自身半径中扣除的偏移量
radii_cutoff	gb	float	cutoff	构建有效 Born 半径时的截断距离

软核 LJ

通过 LJ_soft_core_in_file 提供原生软核 LJ 参数文件后，SPONGE 还会读取以下顶层炼金参数：

参数	所属位置	类型	默认值	说明
lambda_lj	顶层	float	必填	软核 LJ 耦合参数
soft_core_alpha	顶层	float	0.5	软核 alpha 参数
soft_core_powfer	顶层	float	1.0	软核幂参数
soft_core_sigma	顶层	float	3.0	软核 sigma 参数
soft_core_sigma_min	顶层	float	0.0	有效 sigma 项的下限

当前源码中，这些参数位于顶层，不嵌套于 [LJ_soft_core]。

自定义力

参数	所属分组	类型	说明
in_file	pairwise_force	string	成对力配置文件
in_file	listed_forces	string	列表力配置文件

周期性分子的输出映射

参数	所属位置	类型	默认值	说明
force_whole_output	顶层	bool	false	对周期体系强制采用完整分子输出映射
make_output_whole	顶层	string	-	以 atom_i-atom_j 对提供额外连接边，辅助重建完整分子

这些参数仅在 pbc = true 时有效。

溶剂 LJ 快速路径

参数	所属位置	类型	默认值	说明
solvent_LJ	顶层	bool	自动	启用水专用的溶剂 LJ 快速路径

GPU 构建中，若省略 solvent_LJ，SPONGE 可能对位于末尾、满足条件的纯水残基自动启用此路径。显式设置该参数会覆盖自动判断。

插件

插件由顶层 plugin 参数配置，其值为空白分隔的动态库路径列表。目前不使用 TOML 表接口。

控制参数

参数	类型	默认值	说明
command_only	bool	false	仅使用命令行参数，跳过 mdin 文件
dont_check_input	bool	false	跳过未使用参数检查
end_pause	bool	false	模拟结束后暂停