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原子坐标限制参数

SPONGE 的原子坐标限制模块与集体变量指南中的 CV restrain 是两个独立模块。

此模块在主 MD 流程中直接初始化，将指定原子限制在参考坐标附近。

输入形式

该模块沿用 restrain_atom_id、restrain_single_weight 等带前缀的扁平参数。

解析器会将 TOML 分组参数存为 prefix_key，因此以下写法与扁平参数等价，推荐新文档采用：

[restrain]
atom_id = "restrain_atom_id.txt"
coordinate_in_file = "restrain_ref.txt"
single_weight = 20.0
refcoord_scaling = "com_mol"
calc_virial = true

最小示例

[restrain]
atom_id = "restrain_atom_id.txt"
coordinate_in_file = "restrain_ref.txt"
single_weight = 20.0

若未提供 coordinate_in_file 或 amber_rst7，SPONGE 使用当前输入坐标作为限制参考。

参数列表

参数	所属分组	类型	默认值	说明
atom_id	restrain	string	-	必需的原子列表文件；设置后启用模块
coordinate_in_file	restrain	string	当前输入坐标	参考坐标文件
amber_rst7	restrain	string	-	从 AMBER rst7 文件读取参考坐标
single_weight	restrain	float	20.0	对所有受限制原子使用的各向同性权重
weight_in_file	restrain	string	-	每个原子的各向异性权重文件；未设置 single_weight 时使用
refcoord_scaling	restrain	string	"no"	盒子更新时参考坐标的缩放方式
calc_virial	restrain	bool	true	是否累加限制力的维里

refcoord_scaling

支持以下取值：

取值	说明
"no"	不缩放参考坐标
"all"	所有参考坐标随盒子缩放
"com_ug"	按单元组质心缩放
"com_res"	按残基质心缩放
"com_mol"	按分子质心缩放

权重输入方式

各向同性权重

[restrain]
atom_id = "restrain_atom_id.txt"
single_weight = 20.0

对所有受限制原子使用相同的标量力常数。

每个原子的各向异性权重

[restrain]
atom_id = "restrain_atom_id.txt"
weight_in_file = "restrain_weight.txt"

weight_in_file 中每个受限制原子对应一组 wx wy wz。

说明

• 仅在设置 restrain_atom_id 或 restrain 分组中的 atom_id 时启用模块。
• coordinate_in_file 的优先级高于 amber_rst7。
• 若不提供 single_weight，则需要提供 weight_in_file。
• 此模块与 CV restrain 独立，必要时可在同一次模拟中同时使用。