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本页对应的源文档快照。

恒压器参数

SPONGE 在 npt 模式下需要恒压器。

TOML 输入推荐使用分组形式：

mode = "npt"
target_pressure = 1.0

[barostat]
mode = "andersen_barostat"
seed = 2026
tau = 0.1
update_interval = 10

解析器也接受旧版扁平参数 barostat、barostat_tau、barostat_update_interval 及类似的 barostat_* 参数，但新文档推荐使用 TOML 分组形式。

选择恒压器

参数	所属分组	类型	默认值	说明
mode	barostat	string	NPT 必填	恒压算法

支持的取值：

取值	说明
"andersen_barostat"	基于压力的 Andersen 恒压器
"berendsen_barostat"	基于压力的 Berendsen 恒压器
"bussi_barostat"	基于压力的 Bussi 恒压器
"monte_carlo_barostat"	Monte Carlo 恒压器

顶层参数

参数	所属位置	类型	默认值	说明
target_pressure	顶层	float	1.0	目标压力，单位 bar
target_surface_tensor	顶层	float	0.0	基于压力的恒压器所用的目标表面张力项

即使恒压器选项写在 [barostat] 下，target_pressure 仍须保留在顶层。

基于压力的恒压器

andersen_barostat、berendsen_barostat 和 bussi_barostat 共用以下参数。

[barostat]
mode = "andersen_barostat"
seed = 2026
tau = 0.1
compressibility = 4.5e-5
update_interval = 10
isotropy = "isotropic"

通用参数

参数	所属分组	类型	默认值	说明
seed	barostat	int	随机	随机压力恒压器使用的可移植 Philox 随机流种子
tau	barostat	float	1.0	恒压时间常数，单位 ps
compressibility	barostat	float	4.5e-5	等温压缩系数，单位 bar^-1
update_interval	barostat	int	10	压力耦合更新间隔
isotropy	barostat	string	"isotropic"	压力耦合模式

isotropy 支持：

取值	说明
"isotropic"	所有轴等比例缩放
"semiisotropic"	半各向同性耦合
"semianisotropic"	半各向异性耦合
"anisotropic"	完全各向异性耦合

盒子形变参数

参数	所属分组	类型	说明
g11、g21、g22、g31、g32、g33	barostat	float	初始盒子速度张量元素
x_constant、y_constant、z_constant	barostat	bool	固定所选轴方向的盒子尺寸，不参与缩放

源码中的 x_constant、y_constant、z_constant 是布尔值，不是浮点数。

表面张力参数

基于压力的恒压器从顶层 target_surface_tensor 读取目标表面项。解析器也接受兼容参数 barostat_target_surface_tensor，但文档不推荐以其作为主要写法。

Monte Carlo 恒压器

monte_carlo_barostat 使用另一套参数，目前只支持正交盒子。

[barostat]
mode = "monte_carlo_barostat"

[barostat.monte_carlo]
initial_ratio = 0.001
update_interval = 100
check_interval = 10
accept_rate_low = 30
accept_rate_high = 40
couple_dimension = "XYZ"

[barostat.monte_carlo] 是已有 monte_carlo_barostat_* 运行时命令的 TOML 别名分组。旧版顶层 [monte_carlo_barostat] 分组仍可使用。

参数列表

参数	所属分组	类型	默认值	说明
initial_ratio	monte_carlo_barostat	float	0.001	初始盒长相对变化的最大幅度
update_interval	monte_carlo_barostat	int	100	MC 尝试间隔
check_interval	monte_carlo_barostat	int	10	接受率调整间隔
accept_rate_low	monte_carlo_barostat	float	30	目标接受率下限，单位 %
accept_rate_high	monte_carlo_barostat	float	40	目标接受率上限，单位 %
couple_dimension	monte_carlo_barostat	string	"XYZ"	耦合的盒子维度
only_direction	monte_carlo_barostat	string	-	限制所选耦合模式中的变化方向
surface_number	monte_carlo_barostat	int	0	表面数，仅用于非 NO、非 XYZ 耦合
surface_tension	monte_carlo_barostat	float	0.0	表面张力，仅用于非 NO、非 XYZ 耦合

couple_dimension 支持 "XYZ"、"NO"、"XY"、"XZ" 和 "YZ"。

压力变化计划

压力变化计划由顶层参数控制，不属于 [barostat]：

参数	类型	说明
target_pressure_schedule_mode	string	"step"（阶梯变化）或 "linear"（线性变化）
target_pressure_schedule_steps	array	内联计划：[{ step = N, value = P }, ...]
target_pressure_schedule_file	string	TOML 计划文件路径

内联 target_pressure_schedule_steps 仅在主 mdin 文件为 TOML 时有效。