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增强采样参数

集体变量（CV）

参数	类型	说明
cv_in_file	string	集体变量定义文件路径

CV 定义从 cv_in_file 指向的文件加载。新 CV 文件推荐使用 TOML；旧版分块格式仍保留兼容。支持的 CV 类型、虚拟原子、输出方式和完整示例见集体变量指南。

sponge.input.v2 协议数据包将 CV 虚拟原子保存为 /cv/virtual_atom/<name> 下的带类型 HDF5 对象。每个对象包含 type、atom_indices、enabled_default；center 类型还包含 weight。普通 CV 可通过 /cv/<name>/atom_refs 混合引用真实原子索引和虚拟原子名称，无需嵌入长篇旧版配置字符串。

Metadynamics

通过 [META] 或 [meta] 分组配置：

参数	类型	说明
sink	string	Sink metadynamics 模式

详细参数见 SinkMeta。

SITS

SITS 参数位于 [SITS] 分组下：

[SITS]
mode = "iteration"
atom_numbers = "ALL"
k_numbers = 40
T_low = 300.0
T_high = 600.0
record_interval = 1
update_interval = 100

通用参数

参数	所属分组	类型	默认值	说明
mode	SITS	string	必填	SITS 运行模式
atom_in_file	SITS	string	-	用文件定义选择性增强的原子分区
atom_numbers	SITS	int 或 string	未设置 atom_in_file 时必填	从开头计入选择性增强集合的原子数，或 "ALL" / "ITS"
cross_enhance_factor	SITS	float	0.5	交叉项增强因子
fb_interval	SITS	int	1	反馈偏置更新间隔

必须且只能选择一种原子选择方式：atom_in_file 或 atom_numbers。

迭代／生产阶段参数

参数	所属分组	类型	默认值	说明
k_numbers	SITS	int	40	温度点数
T_low	SITS	float	-	自动生成温度序列的下限
T_high	SITS	float	-	自动生成温度序列的上限
T	SITS	斜杠分隔字符串	-	显式温度序列，替代 T_low / T_high
record_interval	SITS	int	1	能量记录间隔
update_interval	SITS	int	100	参数更新间隔
pe_a	SITS	float	1.0	能量乘性缩放系数
pe_b	SITS	float	0.0	能量加性偏移
fb_bias	SITS	float	0.0	施加到 fb 的额外偏置
nk_rest	SITS	bool	iteration 中为 false，其他模式为 true	是否读取重启 Nk
nk_in_file	SITS	string	nk_rest = true 或 production 模式时必填	Nk 重启输入文件
nk_fix	SITS	bool	iteration 中为 false，其他模式为 true	运行时是否固定 Nk
nk_rest_file	SITS	string	自动生成	nk_fix = false 时输出 Nk 重启值的文件
nk_traj_file	SITS	string	自动生成	nk_fix = false 时输出 Nk 历史的文件

mode 可选值：

取值	说明
"observation"	观测阶段
"iteration"	迭代阶段
"production"	生产阶段
"empirical"	经验模式
"amd"	AMD 模式
"gamd"	GaMD 模式

Empirical / AMD / GaMD 参数

参数	所属分组	类型	默认值	说明
pe_a	SITS	float	amd / gamd 必填，empirical 中为 1.0	偏置强度参数
pe_b	SITS	float	amd / gamd 必填，empirical 中为 0.0	偏置阈值参数
T_low	SITS	float	empirical 中必填	温度下限
T_high	SITS	float	empirical 中必填	温度上限

说明：

• amd、gamd 和 empirical 不使用完整的 k_numbers / Nk 更新流程。
• 当前源码把 T 读取为斜杠分隔字符串，而不是 TOML 数值数组。