SinkMeta

SPONGE 2.0 SinkMeta,译自主仓库文档。

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本页对应的源文档快照。

SinkMeta/meta 输入参数

本表根据 SPONGE/bias/sinkmeta/config/config.cpp 中的 META::Initial() 和 SPONGE/bias/sinkmeta/meta.h 中的默认值整理。

meta 模块参数

参数类型/形状是否必需默认值含义与说明
CVstring list是无Meta 使用的 CV 模块名,决定维数;缺失时不初始化 META
dipfloat否0.0submarine/sink 行为的额外下沉项,通过 kB*T 加入偏置平移
welltemp_factorfloat否1e9Well-tempered 偏置因子;大于 1 时启用 well-tempered 模式
Ndimint否CV 数量显式维数,必须与 CV 列表长度一致
subhillflag否false启用 sub-hill(高斯)行为;只判断参数是否存在,不读取值
kdeint否0非零时启用 KDE,并设置 subhill=true;同时将 sigma 缩放改为 1.414/sigma
maskint否0启用 mask 模式,即 n 维区域的退出标记
maxforcefloat否0.1退出标记的边缘力判据,仅设置 mask 时读取
sinkint否0非零时启用负高斯丘(sink/submarine)行为
sumhill_freqint否0sumhill 累积的历史记录频率,影响 Rbias/RCT
convmetaint否0ConvolutionMeta 标志,同时设置 do_negative=true
grwint否0GRW 标志,同时设置 do_negative=true
CV_periodfloat array(ndim)是META 中无默认值每个 CV 的周期盒长,META::Initial() 始终请求此参数
CV_sigmafloat array(ndim)是META 中无默认值每个 CV 的高斯宽度,必须大于 0;内部保存为 sigma 的倒数
cutofffloat array(ndim)否3 * CV_sigma查找和边界墙所用的邻居截断距离;设置后启用 do_cutoff
potential_in_filestring否无从文件读取势;设置后调用 Read_Potential(),跳过下方网格/散点设置
scatter_in_filestring否无读取散点势文件,设置 use_scatter=true、usegrid=false,并调用 Read_Potential()
edge_in_filestring否sumhill.logEdgeEffect() 使用的边缘效应缓存文件;文件存在且网格大小匹配时直接读取,否则重新生成并写入同一路径
scatterint否0散点数;大于 0 时使用散点而非网格
CV_minimalfloat array(ndim)视条件而定META 中无默认值每个 CV 的网格最小值;不使用 potential_in_file 或 scatter_in_file 时必填
CV_maximumfloat array(ndim)视条件而定META 中无默认值每个 CV 的网格最大值,必须大于 CV_minimal;不使用 potential_in_file 或 scatter_in_file 时必填
CV_gridint array(ndim)视条件而定META 中无默认值每个 CV 的网格点数,必须大于 1;不使用 potential_in_file 或 scatter_in_file 时必填
heightfloat否1.0初始高斯丘高度 height_0
wall_heightfloat否无启用边界墙并设置 border_potential_height
potential_out_filestring否Meta_Potential.txt势的输出文件名
potential_update_intervalint否write_information_interval 或 1000势的写出步数间隔;小于等于 0 时强制设为 1000

使用的其他模块/全局参数

参数所属位置类型/形状是否必需默认值含义与说明
CV_point各 CV 模块float array(散点数)视条件而定META 中无默认值每个 CV 的散点坐标,仅 scatter > 0 时读取
write_information_intervalControllerint否1000全局输出间隔,作为 potential_update_interval 的默认值

说明

  • 同时提供 potential_in_file 和 scatter_in_file 时,前者优先,源码使用 if/else if。
  • CV_sigma 在内部取倒数;kde 模式使用 1.414 / sigma,其他情况使用 1.0 / sigma。
  • 源码中的 read_potential_file_name 和 write_potential_file_name 初始值均为 Meta_Potential.txt。