SinkMeta
SPONGE 2.0 SinkMeta,译自主仓库文档。本页由 GPT-6-Astra 整理并翻译。SPONGE 2.0 正处于敏捷开发中,功能、参数和文档可能随版本变动;最新版本信息请参照 GitHub 仓库中的 docs 和 skills 文档。
SinkMeta/meta 输入参数
本表根据 SPONGE/bias/sinkmeta/config/config.cpp 中的 META::Initial() 和 SPONGE/bias/sinkmeta/meta.h 中的默认值整理。
meta 模块参数
| 参数 | 类型/形状 | 是否必需 | 默认值 | 含义与说明 |
|---|---|---|---|---|
CV | string list | 是 | 无 | Meta 使用的 CV 模块名,决定维数;缺失时不初始化 META |
dip | float | 否 | 0.0 | submarine/sink 行为的额外下沉项,通过 kB*T 加入偏置平移 |
welltemp_factor | float | 否 | 1e9 | Well-tempered 偏置因子;大于 1 时启用 well-tempered 模式 |
Ndim | int | 否 | CV 数量 | 显式维数,必须与 CV 列表长度一致 |
subhill | flag | 否 | false | 启用 sub-hill(高斯)行为;只判断参数是否存在,不读取值 |
kde | int | 否 | 0 | 非零时启用 KDE,并设置 subhill=true;同时将 sigma 缩放改为 1.414/sigma |
mask | int | 否 | 0 | 启用 mask 模式,即 n 维区域的退出标记 |
maxforce | float | 否 | 0.1 | 退出标记的边缘力判据,仅设置 mask 时读取 |
sink | int | 否 | 0 | 非零时启用负高斯丘(sink/submarine)行为 |
sumhill_freq | int | 否 | 0 | sumhill 累积的历史记录频率,影响 Rbias/RCT |
convmeta | int | 否 | 0 | ConvolutionMeta 标志,同时设置 do_negative=true |
grw | int | 否 | 0 | GRW 标志,同时设置 do_negative=true |
CV_period | float array(ndim) | 是 | META 中无默认值 | 每个 CV 的周期盒长,META::Initial() 始终请求此参数 |
CV_sigma | float array(ndim) | 是 | META 中无默认值 | 每个 CV 的高斯宽度,必须大于 0;内部保存为 sigma 的倒数 |
cutoff | float array(ndim) | 否 | 3 * CV_sigma | 查找和边界墙所用的邻居截断距离;设置后启用 do_cutoff |
potential_in_file | string | 否 | 无 | 从文件读取势;设置后调用 Read_Potential(),跳过下方网格/散点设置 |
scatter_in_file | string | 否 | 无 | 读取散点势文件,设置 use_scatter=true、usegrid=false,并调用 Read_Potential() |
edge_in_file | string | 否 | sumhill.log | EdgeEffect() 使用的边缘效应缓存文件;文件存在且网格大小匹配时直接读取,否则重新生成并写入同一路径 |
scatter | int | 否 | 0 | 散点数;大于 0 时使用散点而非网格 |
CV_minimal | float array(ndim) | 视条件而定 | META 中无默认值 | 每个 CV 的网格最小值;不使用 potential_in_file 或 scatter_in_file 时必填 |
CV_maximum | float array(ndim) | 视条件而定 | META 中无默认值 | 每个 CV 的网格最大值,必须大于 CV_minimal;不使用 potential_in_file 或 scatter_in_file 时必填 |
CV_grid | int array(ndim) | 视条件而定 | META 中无默认值 | 每个 CV 的网格点数,必须大于 1;不使用 potential_in_file 或 scatter_in_file 时必填 |
height | float | 否 | 1.0 | 初始高斯丘高度 height_0 |
wall_height | float | 否 | 无 | 启用边界墙并设置 border_potential_height |
potential_out_file | string | 否 | Meta_Potential.txt | 势的输出文件名 |
potential_update_interval | int | 否 | write_information_interval 或 1000 | 势的写出步数间隔;小于等于 0 时强制设为 1000 |
使用的其他模块/全局参数
| 参数 | 所属位置 | 类型/形状 | 是否必需 | 默认值 | 含义与说明 |
|---|---|---|---|---|---|
CV_point | 各 CV 模块 | float array(散点数) | 视条件而定 | META 中无默认值 | 每个 CV 的散点坐标,仅 scatter > 0 时读取 |
write_information_interval | Controller | int | 否 | 1000 | 全局输出间隔,作为 potential_update_interval 的默认值 |
说明
- 同时提供
potential_in_file和scatter_in_file时,前者优先,源码使用if/else if。 CV_sigma在内部取倒数;kde模式使用1.414 / sigma,其他情况使用1.0 / sigma。- 源码中的
read_potential_file_name和write_potential_file_name初始值均为Meta_Potential.txt。