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本页对应的源文档快照。

核心模拟参数

模拟任务名称

参数	类型	默认值	说明
md_name	string	"Default SPONGE MD Task Name"	模拟任务名称

模拟模式

参数	类型	默认值	说明
mode	string	必填	模拟模式

mode 可选值：

取值	说明
"nve"	微正则系综，能量保持不变
"nvt"	正则系综，温度保持不变，需要恒温器
"npt"	等温等压系综，需要恒温器和恒压器
"minimization" / "min"	能量最小化
"rerun"	轨迹重新分析

周期性边界条件

参数	类型	默认值	说明
pbc	bool	true	启用周期性边界条件

pbc = false 时进入非周期计算路径。此路径不能用于 npt，不支持多进程模式，并要求设置足够大的盒子。

时间与步数

参数	类型	默认值	说明
step_limit	int	1000	模拟总步数
dt	float	0.001	时间步长，单位 ps
frame_limit	int	-	rerun 模式的帧数上限

相互作用截断

参数	类型	默认值	说明
cutoff	float	8.0	非键相互作用截断距离，单位 Å
skin	float	2.0	邻居表缓冲距离，单位 Å

目标温度与压力

参数	类型	默认值	说明
target_temperature	float	300.0	顶层目标温度，单位 K，用于 NVT/NPT
target_pressure	float	1.0	顶层目标压力，单位 bar，用于 NPT

即使恒温器和恒压器参数写在 [thermostat]、[barostat] 下，这两个参数也必须保留在顶层。

温度和压力还支持通过顶层 target_temperature_schedule_*、target_pressure_schedule_* 参数设置变化计划，详见恒温器和恒压器。

初始速度

除非显式请求初始化，否则 SPONGE 保留所选输入加载器提供的速度：

[initial_velocity]
mode = "maxwell"
seed = 202607220001

mode = "maxwell" 按第零步的目标温度采样速度，去除质心运动；对于受约束体系，在不改变坐标的情况下将速度投影到 SHAKE/SETTLE 约束流形，再按最终体系自由度重新缩放。

seed 为必填项，必须是 0..INT64_MAX 范围内的整数，与恒温器随机种子独立。此模式仅适用于动力学模拟，不适用于最小化或 rerun。

工作目录

参数	类型	默认值	说明
workspace	string	mdin 文件所在目录	工作目录，可使用绝对或相对路径