由cv_in_file控制输入命令的读取。CV系统包含CV定义、虚原子定义、CV使用和程序系统控制四部分。详细内容见文件格式
各参数的类型标记见输入命令
在计算CV时，有时我们不直接使用多个原子的位置，而是使用虚拟原子，其位置根据其他原子生成。
质心
参数：
任意权重计算的中心
参数：
x坐标
参数：
y坐标
参数：
z坐标
参数：
x坐标除以盒子x轴长度
参数：
y坐标除以盒子y轴长度
参数：
z坐标除以盒子z轴长度
参数：
盒子x轴长度
盒子y轴长度
盒子z轴长度
两个原子之间的距离
参数：
两个原子之间的位移的x分量
参数：
两个原子之间的位移的y分量
参数：
两个原子之间的位移的z分量
参数：
三个原子形成的角
参数：
四个原子形成的二面角
参数：
一系列原子与参考坐标之间的RMSD值
原子和参考坐标可以通过
Xponge maskgen来生成
参数：
将CV自由组合获得的值
示例：
lx
{
CV_type = box_length_x
}
ly
{
CV_type = box_length_y
}
lz
{
CV_type = box_length_z
}
example_CV
{
CV_type = combination
CV = lx ly lz
function = lx * ly * lz
}
在组合表达式中，如果涉及到浮点数，最好请在后面加上f表示单精度浮点数，例如1.0f。如果本身是浮点数使用整数可能会出现即时编译错误。
参数：
| 函数 | 符号 | 函数 | 符号 |
|---|---|---|---|
| a加b | a + b | a减b | a - b |
| a乘b | a * b | a除以b | a / b |
| a的b次方 | powf(a)(b) | a的自然对数 | logf(a) |
| 自然对数的底的a次方 | expf(a) | a的误差补余函数 | erfcf(a) |
| 开a的平方 | sqrtf(a) | a的余弦 | cosf(a) |
| a的正弦 | sinf(a) | a的正切 | tanf(a) |
| a的反余弦 | acosf(a) | a的反正弦 | asinf(a) |
| a的反正切 | atanf(a) | a的绝对值 | fabsf(a) |
| a和b中较大的一个 | fmaxf(a)(b) | a和b中较小的一个 | fminf(a)(b) |
对某CV进行表格化的映射。中间值通过4阶B样条线插值计算得到。
示例：
lx
{
CV_type = box_length_x
}
example_CV
{
CV_type = tabulated
CV = lx
min = 0
max = 100
parameter = 1 4 0.2 7 9.1 -11
min_padding = 1.1
max_padding = 7.7
}
该示例对应于下面的表格：
-60 | -40 | -20 | 0 | 20 | 40 | 60 | 80 | 100 | 120 | 140 | 160
--- |
1.1 | 1.1 | 1.1 | 1.0 | 4.0 | 0.2 | 7.0 | 9.1 | -11.0 | 7.7 | 7.7 | 7.7
参数：
打印CV
参数：
简谐偏置势
权重可动态变化。
start_step 和 max_step 不为0， reduce_step 和 stop_step 为0，则会有下列形式 谐振子的权重
↑
weight| +-------------
| /
| /
| /
0-----+---+------------>模拟步数
start max
start_step 和 max_ste 为0， reduce_step 和 stop_step 不为0，则会有下列形式:: 谐振子的权重
↑
weight|----------------+
| \
| \
| \
0---------------+----+-->模拟步数
reduce stop
谐振子的权重
↑
weight| +------+
| / \
| / \
| / \
0-----+---+-----+----+-->模拟步数
start max reduce stop
参数：
线性偏置势
参数：
1维的metadynamics偏置势
参数：