命令名：类型->默认值※※※※※
类型项目：
| 英文名 | 中文名 | 备注 |
|---|---|---|
| float | 浮点数 | 基本类型 |
| int | 整数 | 基本类型 |
| string | 字符串 | 基本类型 |
| enum | 选项 | 可选值详见具体命令 |
| bool | 布尔值 | 0 或1 |
| file | 文件名 | 文件路径中不要存在空格 |
| CV | CV | 由cv_in_file定义的CV |
| 【类型1】【符号】【类型2】 | 由【符号】分割的【类型1】和【类型2】 | 例："int int"表示由空格分割的两个整数 |
| [【类型】] | 以空格分割的一连串的【类型】 | 例：”[int]“表示一连串的整数 |
| 【类型】【符号】...【符号】【类型】 | 以【符号】分割的一连串的【类型】 | 例："float/.../float"表示一连串以"/"分割的浮点数 |
※的数量表示该命令需要设定的频率
| ※数 | 设定频率 |
|---|---|
| ※ | 开发测试时设定 |
| ※※ | 使用时很少设定 |
| ※※※ | 使用时根据体系设定 |
| ※※※※ | 使用时经常设定 |
| ※※※※※ | 使用时通常设定 |
mdin：file->mdin.txt※※※※※
命令控制输入文件
cv_in_file：file※※※
CV控制输入文件
pbc: bool->1※※※
是否启用周期性边界条件
mode: enum※※※※※
使用模式
| 可选值 | 含义 |
|---|---|
| NVE | NVE系综模拟 |
| NVT | NVT系综模拟 |
| NPT | NPT系综模拟 |
| minimization | 能量最小化 |
| rerun | 重跑轨迹 |
dt: float->1e-3(非最小化); 1e-8(最小化)※※※※※
步长[ps]，仅在非重跑模式下可用
step_limit: int->1000※※※※※
模拟的总步数，仅在非重跑模式下可用
thermostat: enum※※※※※
使用的控温方式，仅在NVT模式和NPT模式下可用
可选值见模块功能
target_temperature: float->300.0※※※※
模拟的系综温度[K]，仅在NVT模式和NPT模式下可用
barostat: enum※※※※※
使用的控压方式，仅在NPT模式下可用
可选值见模块功能
target_pressure: float->1.0※※※※
模拟的系综压强[bar]，仅在NPT模式下可用
velocity_max: float->-1※※※
粒子速度的最大值[22.45 埃/皮秒]，防止某个粒子因为偶然速度过大造成系统崩溃。负数不作检查。
如需设置，300 K下的参考值为20
default_in_file_prefix: string※※※※※
定义后，xxx_in_file 会自动寻找对应的的文件
如coordinate_in_file 会自动寻找default_in_file_prefix_coordinate.txt
coordinate_in_file: file※※※※※
坐标输入文件
velocity_in_file: file※※※※
速度输入文件
mass_in_file: file※※
质量输入文件
charge_in_file: file※※
电荷输入文件
residue_in_file: file※※
残基输入文件
end_pause: bool->0※※
结束程序时是否需要额外输入一个回车
device: int->0※※※
使用的GPU设备编号
dont_check_input: bool->0※※
不输出输入产生的警告
不输出警告很危险，请确保你明白这些警告的意义
AMBER的文件只在早期测试中使用，并保存了下来，但在后期的功能实现中，很多功能已不支持对AMBER格式文件的读取
amber_parm7: file※※
AMBER格式的拓扑输入文件
amber_rst7: file※※
AMBER格式的坐标输入文件
amber_irest: bool->1※
AMBER格式的坐标输入文件的参数，用以下逻辑判断该文件中是否包含速度信息
make_output_whole: [int-int]※※※
使得 make_output_whole 定义的原子对在输出轨迹时映射在同一个周期性边界内
write_information_interval: int->1000※※※※
每隔 write_information_interval 步输出一次轨迹
write_mdout_interval: int->write_information_interval※※※
每隔 write_mdout_interval 步输出一次mdout文件
write_restart_file_interval: int->step_limit※※※
每隔 write_restart_file_interval 步输出一次重开文件
crd: file->mdcrd.dat※※※
轨迹文件
box: file->mdbox.txt※※※
盒子轨迹文件
rst: string->restart※※※
amber_rst7 传入，则为输出重开文件名；coordinate_in_file 传入，则为输出重开文件的前缀frc: file※※※
力轨迹文件
vel: file※※※
速度轨迹文件
frame_limit: int※※※
重跑的总步数
rerun_start: int->0※※※
重跑模式下，从第 rerun_start 帧后开始读轨迹文件
rerun_strip: int->0※※※
重跑模式下，开始之后，每次读轨迹跳过 rerun_strip 帧
skin: float->2.0※※
非键"皮肤"厚度[埃]
当某个原子移动超过 skin * skin_permit 以后，将会更新近邻表。近邻表将包含每个原子周围 skin + cutoff 内的粒子
cutoff: float->10.0※※※※※
非键截断距离[埃]
默认参数10.0埃对于非周期性边界条件下的模拟太小
exclude_in_file: file※※
非键排除表输入文件
neighbor_list_refresh_interval: int->0※※※
近邻表更新的间隔步数，若不为正，则任一原子移动超过 skin * neighbor_list_skin_permit 后自动更新
neighbor_list_max_atom_in_grid_numbers: int->80※※
近邻表中每个格子里最多的原子数量，用于分配内存
neighbor_list_max_neighbor_numbers: int->1200※※
每个原子最多近邻数量，用于分配内存
neighbor_list_skin_permit: float->0.5※※※
自动更新近邻表的逻辑里，允许原子移动的skin的比例。当neighbor_list_skin_permit = 0.5时是准确的，更大的值计算会更快但精度会有所下降
PME_update_interval: int->1※※※
多步长更新的设置参数，PME长程部分每间隔PME_Update_Interval步更新一次
PME_print_detail: bool->0※※
将PME各部分的结果详细打印出来
PME_replaced_by_PMC_IZ: bool->0※※※
使用PMC_IZ而非PME进行计算
PME_fftx: int->按1埃每格选取最近的接近4的数※※
傅里叶变化在x方向的格点数
PME_ffty: int->按1埃每格选取最近的接近4的数※※
傅里叶变化在y方向的格点数
PME_fftz: int->按1埃每格选取最近的接近4的数※※
傅里叶变化在z方向的格点数
PME_Direct_Tolerance: float->1e-5※※
两个单位点电荷直接部分硬截断在cutoff处的误差[kcal/mol]
PME_calculate_reciprocal_part: bool->1※
是否计算PME的倒空间部分
calculate_excluded_part: bool->1※
是否计算PME的排除表部分
minimization_max_move: float->0.1※※※
每步移动的最大距离[埃]
minimization_momentum_keep: float->0※※※
最小化时每步保持的动量的比例
minimization_dynamic_dt: int->1※※
是否使用动态步长，1为启用，0为不启用
minimization_dt_decreasing_rate: float->0.01※※
步长动态变化时的下降参数
minimization_dt_increasing_rate: float->1.01 + 0至1的随机数※※
步长动态变化时的上升参数
minimization_dt_factor: float->1e-4 + 1e-2 * 0至1的随机数※※※
步长动态变化时的dt因子
andersen_thermostat_update_interval: int->500※※※※
每隔 andersen_thermostat_update_interval 步随机生成一次速度
andersen_thermostat_seed: int->时间※
随机数种子
berendsen_thermostat_tau: float->1.0※※※※
时间参数[ps]
berendsen_thermostat_stochastic_term: bool->0※※※
是否启用随机修正
berendsen_thermostat_seed: int->时间※
随机修正中使用的随机数种子
nose_hoover_chain_length: int->1※※※※
链长度
nose_hoover_chain_tau: float->1.0※※※※
时间常数[ps]
nose_hoover_chain_restart_input: file※※
拓展维度的初始速度和坐标
nose_hoover_chain_restart_output: file※※
拓展维度的最后速度和坐标
nose_hoover_chain_crd: file※※
拓展维度的坐标轨迹
nose_hoover_chain_vel: file※※※
拓展维度的速度轨迹
middle_langevin_gamma: float->1.0※※※※
摩擦因子[]
middle_langevin_seed: int->随机整数※
随机数种子
langevin_gamma: float->1.0※※※※
摩擦因子[]
langevin_seed: int->随机整数※
随机数种子
monte_carlo_barostat_initial_ratio: float->0.001※※
初始的每个边长的变化大小与初始每个边长大小的比例
monte_carlo_barostat_update_interval: int->100※※
每隔 monte_carlo_barostat_update_interval 步进行一次体积变化尝试
monte_carlo_barostat_check_interval: int->100※※
每隔 monte_carlo_barostat_check_interval 步进行一次参数检查
monte_carlo_barostat_molecule_scale: bool->1※※
按分子整体控压还是按原子控压
如果设为0且使用了约束算法，可能会有异常表现，使得系统崩溃或体积始终无法达到平衡
monte_carlo_barostat_accept_rate_low: float->30※※
检查时保证蒙卡接受率至少为 monte_carlo_barostat_accept_rate_low %
monte_carlo_barostat_accept_rate_high: float->40※※
检查时保证蒙卡接受率至多为 monte_carlo_barostat_accept_rate_high %
monte_carlo_barostat_couple_dimension: enum->XYZ※※※
蒙卡控制体积的方向的耦合
| 可选值 | 含义 |
|---|---|
| XYZ | 各向同性 |
| NO | 各向异性 |
| XY | XY方向耦合，Z方向独立 |
| XZ | XZ方向耦合，Y方向独立 |
| YZ | YZ方向耦合，X方向独立 |
monte_carlo_barostat_only_direction: enum※※※
蒙卡变化时只变化某一维度
| 可选值 | 可选值 |
|---|---|
| X | XY |
| Y | XZ |
| Z | YZ |
你不能做不合法的操作，例如在要求XYZ耦合的同时只变化X维度
monte_carlo_barostat_surface_number: int->0※※※
体系中界面的数量
monte_carlo_barostat_surface_tension: float->0※※※
界面张力[mN/m]
berendsen_barostat_tau: float->1.0※※※※
时间常数[ps]
berendsen_barostat_compressibility: float->4.5e-5※※
压缩系数[]
berendsen_barostat_stochastic_term: bool->0※※※
是否加入随机修正
berendsen_barostat_update_interval: int->10 (不加随机修正); 1 (加随机修正)※※
每隔 berendsen_barostat_update_interval 步进行一次控压
berendsen_barostat_seed: int->时间※
随机修正的随机数种子
andersen_barostat_tau: float->1.0※※※※
时间常数[ps]
andersen_barostat_compressibility: float->4.5e-5※※
压缩系数[]
andersen_barostat_dV_dt: float->0※※※
初始体积变化速度[]
力场文件格式请见文件格式
力场形式请见模块功能页
bond_in_file: file※※
简谐形式键距
bond_soft_in_file: file※※
软键
angle_in_file: file※※
简谐形式键角
urey_bradley_in_file: file※※
Urey_Bradley键角
dihedral_in_file: file※※
周期形式二面角
improper_in_file: file※※
简谐形式二面角
nb14_in_file: file修正LJ和修正静电形式的14相互作用
nb14_extra_in_file: file※※
独立LJ参数和修正静电形式的14相互作用
cmap_in_file: file※※
cmap力场
LJ_in_file: file※※
lj力场
vatom_in_file: file※※
虚拟原子力场
gb_in_file: file只在非周期性边界条件下使用
※※
最简单的隐式溶剂力场
listed_forces_in_file: file※※
自定义成键相互作用力场
pairwise_force_in_file: file※※
自定义非键相互作用力场
restrain_atom_id: file※※※
位置限制的原子序号
可以使用Xponge中的maskgen功能调用MDAnalysis生成该文件，详见
Xponge maskgen -h
restrain_coordinate_in_file: file※※※
位置限制的参考坐标
restrain_amber_rst7: file※※
位置限制的参考坐标(amber格式)
restrain_weight: float->20.0※※※
位置限制的力常数[]
constrain_mode: enum※※※※
约束模式
| 可选值 | 含义 |
|---|---|
| shake | SHAKE算法 |
| simple_constrain | 简单约束算法 |
constrain_mass: float->3.3(未给constrain_in_file);0(给了constrain_in_file)※※
质量小于 constrain_mass 的原子的键会被约束
constrain_in_file: file※※
明确需要约束的键长的文件
在大多数时候这个文件是不需要提供的，因为程序会根据
constrain_mass自动生成。
constrain_angle: bool->0※
是否对质量小于 constrain_mass 的原子的键角进行约束
启用后，对复杂体系可能会造成约束很难收敛，并且对键角的约束是不物理的，不推荐开启。
settle_disable: bool->0※
是否禁用settle
simple_constrain_iteration_numbers: int->25※
简单约束算法迭代次数
simple_constrain_step_length: float->1※
简单约束算法迭代步长
shake_iteration_numbers: int->25※
SHAKE约束算法迭代次数
shake_step_length: float->1※
SHAKE约束算法迭代步长
hard_wall_x_low: float※※※
当某粒子的x分量坐标小于该值时，其x方向的速度变为正
hard_wall_x_high: float※※※
当某粒子的x分量坐标大于该值时，其x方向的速度变为负
hard_wall_y_low: float※※※
当某粒子的y分量坐标小于该值时，其y方向的速度变为正
hard_wall_y_high: float※※※
当某粒子的y分量坐标大于该值时，其y方向的速度变为负
hard_wall_z_low: float※※※
当某粒子的z分量坐标小于该值时，其z方向的速度变为正
hard_wall_z_high: float※※※
当某粒子的z分量坐标大于该值时，其z方向的速度变为负
soft_walls_in_file: file※※※
定义软墙势能函数的文件
SITS_mode: enume※※※
模式
| 可选值 | 含义 |
|---|---|
| observation | 观察模式 |
| iteration | 迭代模式 |
| production | 生产模式 |
SITS_atom_in_file: file※※※
需要增强的原子的文件列表。该命令会使 SITS_atom_numbers 失效
SITS_atom_numbers: int※※※
需要增强的原子为系统中的前 SITS_atom_numbers 个原子。该命令在 SITS_atom_in_file 命令生效时无效
SITS_cross_enhance_factor: float->0.5※※※
AB交叉项的增强系数
SITS_dihedral_in_file: file※※※
需要增强采样的二面角，格式如同普通dihedral_in_file
以下命令仅在
SITS_mode为非observation时启用
SITS_k_numbers: int->40※※※
温度的份数
SITS_T_high: float※※※
温度积分的上区间，自动使用 SITS_k_numbers、SITS_T_high 和 SITS_T_low 线性插值获得温度格点
SITS_T_low: float※※※
温度积分的下区间，自动使用 SITS_k_numbers、SITS_T_high 和 SITS_T_low 线性插值获得温度格点
SITS_T: float/../float※※
温度的格点。该命令会被 SITS_T_high 和 SITS_T_low 无效
SITS_record_interval: int->1※
每隔SITS_record_interval 步记录一次能量
SITS_update_interval: int->100※
每隔SITS_update_interval 次记录更新一次偏置能的参数
SITS_pe_a: float->1※※※
记录能量时的乘数因子
SITS_pe_b: float->0※※※
记录能量时的平移参数[kcal/mol]
SITS_fb_bias: float->0※※
最终fb的平移因子
SITS_nk_rest: bool->0(迭代模式);1(生产模式)※
nk参数是否重新读入
SITS_nk_in_file: file※※※
nk参数重新读入文件
SITS_nk_fix: bool->0(迭代模式);1(生产模式)※
nk参数是否不变
以下命令仅在
SITS_nk_fix为0时启用
SITS_nk_rest_file: file->SITS_nk_rest_file※※※
nk重启文件
SITS_nk_traj_file: file->SITS_nk_traj.dat※※※
nk轨迹文件