丙氨酸十二肽的折叠

更新时间：
2024/01/01

主要内容：

1. 使用Xponge构建一个丙氨酸十二肽的隐式溶剂模型
2. 使用SPONGE的1.4版本模拟
3. 使用VMD可视化

软件安装

见Linux下的安装和Windows下的安装

建模

打开终端，呼出python

python

在python终端内，依次输入下面的python命令

1. 导入需要的模块

import Xponge #Xponge本体
import Xponge.forcefield.amber.ff19sb  #使用的力场
from Xponge.forcefield.special import gb #使用的隐式溶剂模型GB

2. 获得Xponge的分子实例

mol = NALA + ALA * 10 + CALA

3. 设置GB参数

gb.Set_GB_Radius(mol)

4. 保存输入文件

Save_PDB(mol, "ALA.pdb")
Save_SPONGE_Input(mol, "ALA")

动力学模拟

在文件夹里用你喜欢的文本编辑器构建mdin.txt文件：

ALA12 simulation
pbc = 0
mode = NVT
dt = 2e-3
cutoff = 999
constrain_mode = SHAKE
step_limit = 5000000
thermostat = middle_langevin
default_in_file_prefix = ALA

各命令的含义可见输入命令

然后在终端里输入命令

SPONGE -mdin mdin.txt

分析与讨论

结果分析

可读取生成的mdout.txt获取能量数据。使用下面的python脚本读取能量变化数据

from Xponge.analysis import MdoutReader
mdout = MdoutReader("mdout.txt")
import matplotlib.pyplot as plt
plt.plot(mdout.time, mdout.potential)
plt.show()

可得

也可以使用VMD对轨迹可视化

vmd -sponge_mass ./ALA_mass.txt mdcrd.dat