开发中...
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PME修改,使得能够支持大体系(原子数>524280)
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最小化算法优化(madam算法)
- 输入命令修改:
A. 将nve_velocity_max
、middle_langevin_velocity_max
、langevin_velocity_max
等等统一为velocity_max
B. 删除molecule_map_output
命令,分子映射进行优化
- 输出修改:
A. 每项输出宽度由12字符变为15字符
B. 势能输出、构象输出和子能量项统一到同一帧
C. mdinfo.txt不设缓存区实时刷新,以获得错误信息
D. restart文件打印间隔默认值从1000修改为最后帧
E. 所有轨迹文件的在输出时额外加入一个临时内存中储存,每隔一定帧数(而非步数)后打印。默认为每1000帧输出一次。
- 错误提示优化:
A. 编译和运行时,使用显卡架构不同的问题
B. Windows下使用Linux的输入文件和Linux下使用Windows文件的问题
- 速度优化:相比1.2.6约20%~100%的速度提升(根据体系而定)
A. 添加了对水单独处理的近程非键相互作用的计算(solvent_LJ),可在命令行中使用solvent_LJ = 0
关闭。
B. 添加了多步长方案的MD,PME的长程作用可每隔一定步数更新一次
C. 近邻表添加了更新的容忍度skin_permit
,当skin_permit
= 0.5时为严格更新,当大于0.5时将会得到提速
- 功能优化:
A. 重跑模式(mode = rerun)删除了无用的命令,保持相对长时间重跑模式的准确性
B. 对分子的映射进行了优化,自动识别跨周期性分子,对跨周期性分子和普通分子进行区分:跨周期性分子保证每个原子都在盒子内,而普通分子则保证其坐标(x,y,z)最小的点在盒子内
- 添加墙(wall)
A. 硬墙:当粒子运动超过该墙时,对应速度分量反向
B. 软墙:给粒子一个与墙距离的势能
- CV调整
A. 添加新CV:combine,该CV能够自定义结合其他CV
B. 添加新CV:tabulated,该CV能够能够对其他CV进行插值计算
C. 取消了RMSD对cublas的依赖
- NOPBC合并入主程序
- 添加plugin模块,提供外界的动态库入口
- 开发功能添加:
A. Makefile将自动引用子文件夹的Makefile,方便拓展
B. 添加自动微分/动态并行/即时编译功能,可以方便相应的功能实现
- 添加metadynamics和SITS方法在NPT系综下的支持
- 删除SPONGE_FEP,使用rerun模式进行FEP后处理计算
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模拟速度提升约5%~10%
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能量最小化算法添加动态步长的梯度下降算法
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内置错误处理系统,用于提示错误原因
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致命错误修复
A. Berendsen控温限制速度修正因子在0.1~10.0,以防速度变化过快而造成系统崩溃。
B. cmap的内存溢出问题修复
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新添加 make_output_whole
命令,可以将两个分子映射到同一周期性边界条件内
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命令关键词修改
A. 单词拼写修正:
charge_pertubated
->charge_perturbated
compressiblity
->compressibility
dV/dt
->dV_dt
B. 蒙卡控压中各向异性控制唯一变化方向命令使用字符串而非数字
C. 各bool型命令中,等效false为0,true为1
D. SITS命令简化
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TI计算中,将charge_perturbated
由bool型变量变为int型变量,代表电荷变化的次方,也即下式中的λ:
E=21ij∑r(qi,Aλp+qi,B(1−λ)p)(qj,Aλp+qj,B(1−λ)p)
- 增加CV系统,用于增强采样
该版本无升级记录,内容为粗略信息
- 实现多种控温控压方式
- 模拟速度提升
- 力场补充(cmap、improper dihedral)
- 非周期性体系模拟,隐式溶剂模型
该版本无升级记录,内容为粗略信息
- NPT系综模拟,定步长能量最小化
- 使用in file文件作为输入
该版本无升级记录,内容为粗略信息
- NVE系综模拟,NVT系综模拟
- 使用amber文件作为输入