¶ Windows下SPONGE及配套软件的安装
更新时间
2024/01/01
¶ 引入
本教程包含在Windows操作系统下的SPONGE及其配套软件的安装。涉及的软件有：
- SPONGE：分子动力学模拟主程序
- Xponge：分子动力学前后处理软件
- VMD：分子动力学可视化软件
¶ 从源码安装SPONGE
¶ 确认所需软件的版本
先根据自己的显卡和驱动查看合适的cuda版本，此处打开NVIDIA控制面板
点击其中的帮助-系统信息
在其组件部分可以看到对应的cuda支持版本
随后确定自己所需的编译器visual studio版本，目前无简单判断方式，可通过搜索相应关键词，如我的11.2可直接搜索
查看到有其他人使用的例子为visual studio 2019
¶ 编译器的安装
在Windows下，推荐使用Visual Studio作为编译器，从官方网址Visual Studio 2019 版本 16.11 发行说明 | Microsoft Docs下载即可，其中社区（community）版Visual Studio对于个人用户是免费的。此处的版本可以在该页面旁边进行更改。
接下来以Visual Studio 2022版本为例。当下载完成后打开，点击继续
然后等待一阵下载和安装设置后，来到工作负荷界面，选择C++桌面开发工具
随后即进入下载安装界面，等待下载安装完成
可不先重启，直接打开即可，并暂时跳过登录
配置一些外观设置
当能够看到下面界面的时候Visual Studio即安装成功
¶ CUDA的安装
前往cuda官网CUDA Toolkit Archive | NVIDIA Developer下载，按照提示根据你的情况选择正确的版本，以及平台信息，选择local安装器，点击Download即可
下载完成后启动安装器，选择合适的临时文件存储文件夹
同意使用协议
在安装选项界面，选择自定义安装
只需要勾选CUDA下的Development、Runtime和Visual Studio Integration。其他部分按照个人需求勾选。
选择合适的安装位置
开始安装
安装结束
¶ SPONGE程序包的安装
前往SPONGE官网SPONGE (spongemm.cn)下载
下载完成后，是一个zip文件包，将其解压以后，打开其中的SPONGE文件夹，其中包含一个bat文件vs_project_generator.bat，双击运行该文件。中途可能会有防火墙提示，点击仍要运行
该脚本会自动生成工程文件，弹出下面的提示，按任意键退出
回到SPONGE文件夹中，可以看到此时出现了下面的文件
相应的工程文件对应了SPONGE的主程序。因为兼容性的考虑，生成的工程文件是visual studio 2013，因此使用较新的visual studio打开后会提示升级，点击确定即可。
点击项目-重定目标解决方案，然后再次点击确定，即可升级到你版本的visual studio
随后点击上方的生成Windows调试器即可
最后会运行一个程序的黑窗口，出现以下界面即为编译成功
最后生成的可执行文件存在SPONGE/x64/Release中，将该文件夹设置到环境变量中即可
¶ Xponge的安装
¶ miniconda的安装
前往官网Miniconda — conda documentation下载最新版miniconda
随后一直默认选项安装即可
¶ Xponge的安装
打开miniconda 的终端，因为中途可能有测试文件的产生，因此请先将目录换到一个空的临时文件夹中
逐行运行以下命令安装Xponge并测试是否成功
conda create -n Xponge python==3.7.5 -y
conda activate Xponge
pip install Xponge
Xponge test
如果最终出现
3 test case(s) for base - base
...
那么即安装成功
¶ 将SPONGE与Xponge关联
逐行运行以下命令（其中D:\SPONGE\SPONGE\x64\Release请修改为你自己的SPONGE文件夹）
Xponge.mdrun -set D:\SPONGE\SPONGE\x64\Release
Xponge.mdrun SPONGE
del mdinfo.txt mdout.txt
得到下列结果即绑定成功
¶ VMD的安装
¶ VMD主程序的安装
前往vmd官网VMD - Visual Molecular Dynamics (uiuc.edu)，此处推荐下载最新的1.9.4版本
会需要你注册，此时你随意注册即可
¶ 安装SPONGE的VMD插件
在SPONGE官网SPONGE (spongemm.cn)下载vmd插件
下载后是一个zip文件，解压后可自行阅读其中的README文件进行配置，最终打开VMD，并在新文件格式中找到SPONGE相关格式即为安装成功
