The first line is the name of the md task
#本文本文件通过命令行中加入 "-mdin 本文本文件名" 读入，如果该文件名为mdin.txt且和SPONGE可执行程序处于同一文件夹，则可不在命令行中显示输入
#本文本文件内的所有参数指令均可通过加"-"前缀在命令行里面输入，例如 -cutoff 8.0 -skin 2.0

#近邻表相关参数
cutoff=8.0,#进行LJ计算和PME直接部分计算时采用的截断半径
skin = 2.0;#截断半径外延半径，用于优化近邻表使用
neighbor_list
{
	refresh_interval = 0 #更新间隔，设置为0，则表示智能严格更新，其他非0整数代表等间隔更新
	max_atom_in_grid_numbers = 64#近邻表单个空间格子内能存储的最大原子数目
	max_neighbor_numbers = 600#每个原子的最大近邻表邻居数，近邻表只记录上邻接矩阵上三角非零项
}
   
#分子模拟最基本参数选择
mode = NVT, #NPT  NVE Minimization共四种模拟模式选择，NPT和NVT需要与压浴和热浴适配
dt= 1e-3,#模拟步长,此处单位为ps
step_limit = 100000,#模拟总步数
write_information_interval = 1000#保存中间信息的间隔
write_restart_file_interval=1000#保存重启坐标和速度的间隔
molecule_map_output=0#保存的坐标是否按照分子整体进行周期性盒子映射
nve_velocity_max=20.#如果采用NVE的最大速度上限，此处单位为20.455 angstrom ps^-1

#热浴相关参数
thermostat = langevin_liu  #langevin共两种热浴选择
target_temperature= 100.0 #模拟的目标平衡温度，此处单位为K
langevin_liu #与langevin输入命令相同
{ 
	seed = 1  #随机数种子
	gamma = 2.0   #摩擦系数（碰撞频率），此处单位为ps^-1
	velocity_max=20.#采用热浴时的最大速度上限，此处单位为20.455 angstrom ps^-1
}


#restrain参数
restrain
{
	atom_id=TwoChainSystem/ref_mask.txt #要进行restrain的原子编号列表文件
	#coordinate=TwoChainSystem/rst7 #restrain的参考坐标对应的全原子坐标文件,暂时不使用此功能
	weight=500.#restrain谐振势的强度，此处单位为kcal mol^-1 angstrom^-2
}

#constrain参数
constrain_mode = simple_constrain,#目前只支持simple constrain：采用迭代法求解constrain内力
simple_constrain
{
	iteration_numbers=30,#迭代次数
	step_length=.9,#迭代时递进步长，如果是两体constrain，iteration_numbers=1，step_length=1.得到解析值
	mass=6.#通过原子质量判断该原子所参与的bond和angle是否需要constrain，此处单位为g mol^-1
}


#分子模拟体系的基本输入输出文件参数
	mdout=mdout.txt #记录各种能量和温度等参数，每间隔write_information_interval输出到的文件
	mdinfo=mdinfo.txt #记录初始化和结束时整个模拟的各种参数信息的文件
	box=box.txt #记录体系周期性盒子大小信息的文件，每间隔write_information_interval输出到的文件
	crd=mdcrd.dat #记录体系原子坐标的文件，每间隔write_information_interval输出到的文件
	rst=rst2.txt #记录体系此时速度和坐标的文件，每间隔write_restart_file_interval输出到的文件

#amber格式的文件输入
amber
{
	parm7=TwoChainSystem/parm7
	rst7=TwoChainSystem/rst2.txt
}

#FGM 双层等电势平面模式的参数设置
FGM_Double_Layer
{
	ion_serial_start=2880 #带电子粒子起始编号
	#ion_numbers=12 #带电粒子个数
	z1=10. #下等势面高度
	z2=50. #上等势面高度
	ep1=0. #下等势面电势
	ep2=-0. #上等势面电势
	first_gamma = 1.9 #SOR解方程组时的松弛系数
	first_iteration_steps = 150 #迭代次数
	second_gamma = 1.4 #小松弛系数
	second_iteration_steps = 150 #第二次迭代次数
	green_force_refresh_interval=1 #格林积分静电力更新间隔
	sphere_pos_file_name=TwoChainSystem/Discretize_Sphere_500_points.dat #读取格林函数积分的采样点坐标
	FFT=1 #选择是否使用FFT方法代替SOR方法求解电势分布，FFT要快很多，但暂不支持上下两个等势值不同的情况
	#Nx=210 #选取x方向离散格点数目
	#Ny=100
	#Nz=82
}
end_pause=0#分子模拟运行结束后，是否保留程序处于末尾阶段，还是直接退出