The first line is the name of the md task
#本文本文件通过命令行中加入 "-mdin 本文本文件名" 读入，如果该文件名为mdin.txt且和SPONGE可执行程序处于同一文件夹，则可不在命令行中显示输入
#本文本文件内的所有参数指令均可通过加"-"前缀在命令行里面输入，例如 -cutoff 8.0 -skin 2.0

#近邻表相关参数
cutoff=1.0,#进行LJ计算和PME直接部分计算时采用的截断半径
skin = 0.3;#截断半径外延半径，用于优化近邻表使用
neighbor_list
{
	refresh_interval = 0 #更新间隔，设置为0，则表示智能严格更新，其他非0整数代表等间隔更新
	max_atom_in_grid_numbers = 16#近邻表单个空间格子内能存储的最大原子数目
	max_neighbor_numbers = 150#每个原子的最大近邻表邻居数，近邻表只记录上邻接矩阵上三角非零项
}
   
#分子模拟最基本参数选择
mode = NVE, #NPT  NVE Minimization共四种模拟模式选择，NPT和NVT需要与压浴和热浴适配
dt= 2e-4,#模拟步长,此处单位为ps
step_limit = 10000,#模拟总步数
write_information_interval = 1000#保存中间信息的间隔
write_restart_file_interval=1000#保存重启坐标和速度的间隔
molecule_map_output=0#保存的坐标是否按照分子整体进行周期性盒子映射
nve_velocity_max=20.#如果采用NVE的最大速度上限，此处单位为20.455 angstrom ps^-1

#Dissipative Particle Dynamics相关参数
DPD
{
	target_temperature= 300.0,#DPD 温度
	in_file=DPD_model_system/DPD_force.txt #DPD作用力参数文件
	rand_seed=746 #随机数种子
}

#长方体弹簧边界
Spring_Cuboid_Boundary=1 #启用弹簧边界
Spring_Cuboid_Boundary
{
	0x=0.5; #长方体盒子靠近原点的顶点的坐标的x分量
	0y=0.5; 
	0z=0.5;
	1x=15.5; #最远离原点的顶点的坐标的x分量
	1y=15.5;
	1z=15.5;
	k=100 #弹簧的精度系数，E=0.5*k*x^2
}
#分子模拟体系的基本输入输出文件参数
	mdout=mdout.txt #记录各种能量和温度等参数，每间隔write_information_interval输出到的文件
	mdinfo=mdinfo.txt #记录初始化和结束时整个模拟的各种参数信息的文件
	box=box.txt #记录体系周期性盒子大小信息的文件，每间隔write_information_interval输出到的文件
	crd=mdcrd.dat #记录体系原子坐标的文件，每间隔write_information_interval输出到的文件
	rst=rst #记录体系此时速度和坐标的文件，每间隔write_restart_file_interval输出到的文件

	#体系的各种基本拓扑信息
	coordinate_in_file = DPD_model_system/DPD_coordinates.txt
	mass_in_file = DPD_model_system/DPD_mass.txt

end_pause=1#分子模拟运行结束后，是否保留程序处于末尾阶段，还是直接退出