Metadynamics 是什么?

Metadynamics 是 Laio 和 Parrinello 在 2002 年提出的一种分子动力学模拟增强采样方法1。它要解决的问题很直接:普通分子动力学模拟常常会被困在某个自由能低谷里,短时间内很难跨过自由能垒,因此也就很难采到构象变化、反应路径、相变等低频但重要的事件。

Metadynamics 的基本思路,是在动力学模拟过程中选择少数几个能够描述慢过程的集体变量,然后沿着这些变量不断加入历史依赖偏置。体系到过哪里,偏置就逐渐“填”到哪里;已经访问过的自由能低谷被逐步抬高之后,体系就更容易离开原来的局部区域,继续探索新的构象空间。随着偏置势不断积累,研究者还可以反推出体系在这些集体变量上的自由能面。

Metadynamics 通过在已访问位置沉积 Gaussian bias,逐步填充自由能低谷并推动轨迹跨越势垒。

meta- 在这里是什么意思?

Metadynamics 显然是由前缀 meta-dynamics 构成的。Dynamics 在这里译作“动力学”基本没有争议;当然,中文里也存在类似 Molecular Modeling 和 Molecular Simulation 同译为“分子模拟” 的问题,dynamicskinetics 有时也都会被译作“动力学”,但这不是本文要讨论的重点,以后再讲。

那么 meta- 是什么意思呢?

笔者个人喜欢的 BBC 喜剧《是,大臣》(Yes Minister)里,有这样一段:牛津大学古典学三等学位的汉弗莱爵士解释二恶英 dioxin 和变形二恶英 meta-dioxinmeta- 的含义。

相关视频可见 Bilibili BV1yU4y1z73R 约 05:08 处。如果播放器没有正常加载,也可以直接打开对应片段

这里当然是在喜剧语境里调侃官僚语言,但它也提示了 meta- 这个前缀在英语里本身就相当复杂:它可以有 beyondafterwith 等含义,落到不同词语中时侧重点也并不相同。

在中文场景里,我们经常使用“元”来翻译 meta-。这类译法通常表达的是“某物的某物”。例如:

中文译名英文词直观含义
元数据metadata数据的数据
元理论metatheory理论的理论
元认知metacognition认知的认知
元分析meta-analysis分析的分析

放到 metadynamics 里,很多人会这样理解:它是在原本的动力学模拟上,额外加入一套随轨迹演化的规则;如果把这套规则也看作一种“动力学”,那么 metadynamics 就可以被解释成“动力学的动力学”。再加上中文里已有的“元数据”“元理论”“元认知”等译法,“元动力学”这个翻译也就很自然地出现了。

所以问题并不是“元动力学”这个译法完全错误。这个译名已经比较常见,写论文、写报告、查资料时也基本能被同行理解。但它的问题在于:metadynamics 中这套随轨迹演化的历史依赖规则,远远还达不到一套“动力学”的程度。如果只看“元动力学”这四个字,读者很容易误以为它是在讨论某种关于动力学的动力学,或者某种更高阶、更根本的动力学理论。

但在分子模拟语境里,metadynamics 的重点并不是提出一套新的动力学基本定律,也不是把动力学本身再提升一个层级,而是在已有的动力学模拟过程中,沿着选定的集体变量不断加入历史相关的偏置势,帮助体系离开已经访问过的自由能区域,从而更有效地探索自由能面。

事实也正如《是,大臣》里所调侃的那样:meta- 本身的英文含义就已经很复杂,再进入中文翻译时,问题只会更复杂。一些常见的科技词汇里,meta- 并不会被统一译成“元”,而是会根据具体词源和学科习惯转成完全不同的中文表达。例如:

英文词常见中文译名构词或语义线索
metathesis复分解meta- 有“变化”义,thesis 与“位置”相关
metaplasia化生meta- 有“变化”义,plasia 与发育、形成相关
metabolism新陈代谢meta- 有“变化”义,bol 与放置、抛投相关,-ism 为名词化后缀
Metazoa后生动物meta- 取“after”一类含义
metanephros后肾meta- 取“after”一类含义
meta-xylene间二甲苯meta- 表示芳环取代位置关系
metastate亚稳态meta- 表示介于稳定与不稳定之间的状态

其实如果只从 meta- 的字面义出发,很多译法都可以勉强说得过去:变换动力学、后动力学、亚动力学、元动力学,似乎都能各自找到一点解释空间。那么理论上到底应该怎么翻译呢?这个时候,问问提出者的想法可能是最好的。

笔者的师兄曾在 Parrinello 组里做过博士后,当时他问过 Parrinello 本人这个问题。他的原话是:“No special meaning. It’s just a name”(没有特殊含义,只是一个名字而已)。最初提出这一方法的 Laio 和 Parrinello 那篇文章里1,甚至还没有直接使用 metadynamics 这个名称,而是使用了 metastepmetatrajectorymetastates 等概念;后来的 metadynamics,可以理解为从这些概念中进一步提炼出的名称。

因此,在提出者本人已经明确表示名称含义模糊的情况下,为了达到翻译的准确性,此时音译反而是更容易接受的选择。如果音译还能更准确地反映方法含义,效果就更好。

那么应该怎么译?

因此,我们组内一直更推荐使用埋拓动力学:其中“埋拓”本身是 meta- 的音译,同时“埋”对应埋入偏置势,“拓”对应拓展采样空间。

不过,鉴于 metadynamics 在各种场景中已经被广泛使用,大家也都有各自习惯的译法,很多时候维持 metadynamics 本身的英文写法,可能反而是更现实的妥协选择。事实上,metadynamics 在缩写(如 mtd / metad)、衍生方法翻译(如 well-tempered metadynamics)等方面也仍有不少争议。

Footnotes

  1. Laio A, Parrinello M. Escaping free-energy minima. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2002;99(20):12562-12566. doi:10.1073/pnas.202427399 2