关于观点洞见

这个栏目是干什么的

观点洞见用来记录与分子模拟、分子建模、计算化学方法相关的观点、观察与经验。文章源文件存在 src/content/insights/，欢迎通过 GitHub Pull Request 投稿。

每篇文章是一个 .mdx 文件，顶部 YAML frontmatter 写元信息（标题、作者、日期、头像），正文用 Markdown 即可，需要的时候可以嵌入 Astro 组件。

表格

体系	原子数	A100 (ns/day)	H100 (ns/day)
1UBQ	18,000	320	540
2OOB	95,000	110	175
4XCN	220,000	48	78

公式

行内公式：势能由键合项 $U_{\text{bond}}$ 与非键合项 $U_{\text{nb}}$ 组成，即 $U = U_{\text{bond}} + U_{\text{nb}}$。

块级公式：

$$U_{\text{LJ}}(r) = 4\varepsilon\left[\left(\frac{\sigma}{r}\right)^{12} - \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{6}\right]$$ $$F_i = -\nabla_i U(\mathbf{r}_1, \dots, \mathbf{r}_N)$$

代码

#include <iostream>

int main() {
    std::cout << "Hello, SPONGE!" << std::endl;
    return 0;
}

Mermaid 图

flowchart LR
  A["准备体系"] --> B["选择模型"]
  B --> C["运行模拟"]
  C --> D["分析结果"]

图片

下面是一张 SPONGE 中常用的 1UBQ¹ 蛋白结构示意图，作为例子：

可交互分子结构

下面的 1UBQ¹ 结构由 Mol*²³ 渲染，可以拖动旋转、滚轮缩放、点击残基查看更多信息：

投稿方式

1. Fork spongemm/spongemm_cn
2. 在 src/content/insights/ 下新建一个 .mdx 文件
3. 写好 frontmatter 与正文，本地 npm run dev 预览效果
4. 提交 Pull Request，合并后下次部署即上线

Footnotes

1. Vijay-Kumar S, Bugg CE, Cook WJ. Structure of ubiquitin refined at 1.8 Å resolution. J Mol Biol. 1987;194(3):531–544. doi:10.1016/0022-2836(87)90679-6 ↩ ↩²

2. Sehnal D, Bittrich S, Deshpande M, et al. Mol* Viewer: modern web app for 3D visualization and analysis of large biomolecular structures. Nucleic Acids Research. 2021;49(W1):W431–W437. doi:10.1093/nar/gkab314 ↩

3. Mol* Viewer 项目主页. https://molstar.org/ ↩