文件格式
SPONGE 1.4 的 CudaSPONGE 文件格式说明。所有原子序号均从0开始计数
控制文件
mdin
第一行是标题行，必须有
# 井号后面的是注释
# 命令 = 值
mode = NVT
thermostat = middle_langevin
# 花括号 A { B = C } 代表 A_B = C
middle_langevin
{
gamma = 10
}
# 两个井号注释掉整个花括号
## amber
{
parm7 = test.parm7
rst7 = test.rst7
}
default_in_file_prefix = example在 mdin 中的命令均可以在命令行中输入，例如上面等效于:
SPONGE -mode NVT -thermostat middle_langevin -middle_langevin_gamma 10 -default_in_file_prefix examplecv_in_file
# 井号后面的是注释
# 命令 = 值
####################
# 定义虚原子
####################
com1 #任意不与内建关键词重复的名字
{
vatom_type = center_of_mass
atom = 3 5 7
}
com2
{
vatom_type = center_of_mass
atom = 4 6 9
}
####################
# CV 定义
####################
rmsd_test #任意不与内建关键词重复的名字
{
CV_type = rmsd
atom_in_file = test_atom.txt
coordinate_in_file = test_coordinate.txt
}
nice_day #任意不与内建关键词重复的名字
{
CV_type = angle
atom = com1 3 com2 #所有要求输入整数处均可以使用虚原子名作为代替
}
######################
# CV使用
######################
print
{
CV = nice_day rmsd_test
}
restrain
{
CV = rmsd_test
weight = middle_langevin_gamma # 所有要求输入整数或浮点数的值都可以使用mdin中的变量
reference = 0.
}
##meta1d # 双引号注释整个大括号
{
CV = nice_day
dCV = 0.01
CV_minimal = 0
CV_maximum = 3.14
height = 10
sigma = 0.1
welltemp_factor = 50
}
###################
# 系统控制
###################
dont_check_input = 0力场文件
AMBER格式
amber_parm7
amber_rst7
参见AMBER官网
bond_in_file
键总数
原子a 原子b 力常数 平衡位置
...
原子a 原子b 力常数 平衡位置angle_in_file
键角总数
原子a 原子b 原子c 力常数 平衡位置
...
原子a 原子b 原子c 力常数 平衡位置dihedral_in_file
二面角总数
原子a 原子b 原子c 原子d n倍角 力常数 偏移角
...
原子a 原子b 原子c 原子d n倍角 力常数 偏移角nb14_in_file
nb14总数
原子a 原子b LJ修正系数 静电修正系数
...
原子a 原子b LJ修正系数 静电修正系数cmap_in_file
cmap种类数 cmap总数
第一种cmap分辨率 第二种cmap分辨率 ... 第x种cmap分辨率
第一种cmap参数，共 第一种cmap分辨率^2 个
第二种cmap参数，共 第二种cmap分辨率^2 个
...
第x种cmap分辨率，共 第x种cmap分辨率^2 个
原子a 原子b 原子c 原子d 原子e cmap种类
...
原子a 原子b 原子c 原子d 原子e cmap种类LJ_in_file
原子个数 LJ种类数
LJ0-LJ0的A系数
LJ1-LJ0的A系数 LJ1-LJ1的A系数
...
LJx-LJ0的A系数 LJx-LJ1的A系数 ... LJx-LJx的A系数
LJ0-LJ0的B系数
LJ1-LJ0的B系数 LJ1-LJ1的B系数
...
LJx-LJ0的B系数 LJx-LJ1的B系数 ... LJx-LJx的B系数
原子1的LJ种类
原子2的LJ种类
...
原子n的LJ种类charge_in_file
这里使用了独特的电荷单位，使得 ，不再需要乘力常数。 在该单位制下，一个电子带18.2223的负电荷
原子个数
原子1的电荷
原子2的电荷
...
原子n的电荷residue_in_file
原子个数 残基个数
残基1的原子个数
残基2的原子个数
...
残基n的原子个数自定义力场形式文件
在给定下面的力场形式定义文件以后，还需要给出力场参数文件，力场参数文件参考上面的SPONGE自带标准格式
listed_forces_in_file
定义成键相互作用。
[[[ 名字1 ]]]
[[ parameters ]]
int atom_i, int atom_j, ..., int atom_l, 参数类型(float/int) 参数名, 参数类型(float/int) 参数名, ... 参数类型(float/int) 参数名
[[ potential ]]
势能函数
E = f(r_ij, theta_ijk, phi_ijkl)
其中r_ij表示 atom_i和atom_j的距离，theta_ijl表示对应的角度，phi_ijkl表示对应的二面角
[[ connected_atoms ]]
ij （表示i和j原子是连在一起的，用于周期性映射和自动寻找约束原子，如无则不填该section）
[[ constrain_distance ]]
表示约束距离的参数名，如无则不填该section
[[ end ]]
[[[ 名字2 ]]]
...
[[ end ]]
... ...pairwise_force_in_file
定义非键相互作用
[[[ 名字 ]]]
[[ parameters ]]
参数类型(float/int) 参数名, 参数类型(float/int) 参数名, ... 参数类型(float/int) 参数名
[[ potential ]]
势能函数
E = f(r_ij)
[[ with_ele ]]
true/false
[[ electrostatic_potential ]]
静电势能函数
E_ele = f(r_ij, q_i, q_j)
[[ end ]]soft_walls_in_file
定义软墙
[[[ 名字1 ]]]
[[ potential ]]
势能函数 E = f(x, y, z)
[[ end ]]
[[[ 名字2 ]]]
...
[[ end ]]
... ...坐标和速度文件格式
coordinate_in_file
输入坐标文件
原子数 [时间戳，可有可无]
原子1的x坐标 原子1的y坐标 原子1的z坐标
原子2的x坐标 原子2的y坐标 原子2的z坐标
... ...
原子n的x坐标 原子n的y坐标 原子n的z坐标
盒子的x基矢长度 盒子的y基矢长度 盒子的z基矢长度 盒子的y基矢和z基矢的夹角 盒子的x基矢和z基矢的夹角 盒子的x基矢和y基矢的夹角velocity_in_file
输入速度文件，注意速度的单位是SPONGE内部单位制。
原子数 [时间戳，可有可无]
原子1的x速度 原子1的y速度 原子1的z速度
原子2的x速度 原子2的y速度 原子2的z速度
... ...
原子n的x速度 原子n的y速度 原子n的z速度