版本迭代

1.4 -> 1.5

开发中…

1. PME修改，使得能够支持大体系（原子数>524280）
2. 最小化算法优化（madam算法）

1.3 -> 1.4

1. 输入命令修改： A. 将nve_velocity_max、middle_langevin_velocity_max、langevin_velocity_max等等统一为velocity_max B. 删除molecule_map_output命令，分子映射进行优化
2. 输出修改： A. 每项输出宽度由12字符变为15字符 B. 势能输出、构象输出和子能量项统一到同一帧 C. mdinfo.txt不设缓存区实时刷新，以获得错误信息 D. restart文件打印间隔默认值从1000修改为最后帧 E. 所有轨迹文件的在输出时额外加入一个临时内存中储存，每隔一定帧数（而非步数）后打印。默认为每1000帧输出一次。
3. 错误提示优化： A. 编译和运行时，使用显卡架构不同的问题 B. Windows下使用Linux的输入文件和Linux下使用Windows文件的问题
4. 速度优化：相比1.2.6约20%~100%的速度提升（根据体系而定） A. 添加了对水单独处理的近程非键相互作用的计算（solvent_LJ），可在命令行中使用solvent_LJ = 0关闭。 B. 添加了多步长方案的MD，PME的长程作用可每隔一定步数更新一次 C. 近邻表添加了更新的容忍度skin_permit，当skin_permit = 0.5时为严格更新，当大于0.5时将会得到提速
5. 功能优化： A. 重跑模式（mode = rerun）删除了无用的命令，保持相对长时间重跑模式的准确性 B. 对分子的映射进行了优化，自动识别跨周期性分子，对跨周期性分子和普通分子进行区分：跨周期性分子保证每个原子都在盒子内，而普通分子则保证其坐标(x,y,z)最小的点在盒子内
6. 添加墙（wall） A. 硬墙：当粒子运动超过该墙时，对应速度分量反向 B. 软墙：给粒子一个与墙距离的势能
7. CV调整 A. 添加新CV：combine，该CV能够自定义结合其他CV B. 添加新CV：tabulated，该CV能够能够对其他CV进行插值计算 C. 取消了RMSD对cublas的依赖
8. NOPBC合并入主程序
9. 添加plugin模块，提供外界的动态库入口
10. 开发功能添加： A. Makefile将自动引用子文件夹的Makefile，方便拓展 B. 添加自动微分/动态并行/即时编译功能，可以方便相应的功能实现
11. 添加metadynamics和SITS方法在NPT系综下的支持
12. 删除SPONGE_FEP，使用rerun模式进行FEP后处理计算

1.2 -> 1.3

1. 模拟速度提升约5%~10%

2. 能量最小化算法添加动态步长的梯度下降算法

3. 内置错误处理系统，用于提示错误原因

4. 致命错误修复 A. Berendsen控温限制速度修正因子在0.1~10.0，以防速度变化过快而造成系统崩溃。 B. cmap的内存溢出问题修复

5. 新添加 make_output_whole命令，可以将两个分子映射到同一周期性边界条件内

6. 命令关键词修改 A. 单词拼写修正: charge_pertubated->charge_perturbated compressiblity->compressibility dV/dt->dV_dt

   B. 蒙卡控压中各向异性控制唯一变化方向命令使用字符串而非数字 C. 各bool型命令中，等效false为0，true为1 D. SITS命令简化

7. TI计算中，将charge_perturbated由bool型变量变为int型变量，代表电荷变化的次方，也即下式中的$\lambda$:

$$E = \frac{1}{2} \sum_{ij} \frac{(q_{i,A} \lambda^p + q_{i,B} (1 - \lambda)^p) (q_{j,A} \lambda^p + q_{j,B} (1 - \lambda)^p)} {r}$$

8. 增加CV系统，用于增强采样

1.1 -> 1.2

该版本无升级记录，内容为粗略信息

1. 实现多种控温控压方式
2. 模拟速度提升
3. 力场补充（cmap、improper dihedral）
4. 非周期性体系模拟，隐式溶剂模型

1.0 -> 1.1

该版本无升级记录，内容为粗略信息

1. NPT系综模拟，定步长能量最小化
2. 使用in file文件作为输入

测试版 -> 1.0

该版本无升级记录，内容为粗略信息

1. NVE系综模拟，NVT系综模拟
2. 使用amber文件作为输入